生物有机肥在农业生产中的作用重新受到重视，生物有机肥种出的农产品口感佳，能够有效保持瓜果蔬菜等本身特有的营养和味道。生物有机肥料不仅可以阻止生态环境的恶化，提高环境质量，而且在农业生产方面也发挥着巨大的作用。  

微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死亡后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。  

生物有机肥料含有植物所需要的大量营养成分、微量元素、糖类和脂肪。生物有机肥分解释放的CO2可作为物光合作用的材料。生物有机肥还含有三要素氮、磷、钾5%，有机质45%，可为农作物提供全面的营养。不得不提的是有生物机肥在土壤中分解，能够转化形成各种的腐殖酸是一种高分子物质，具有很好的络合吸附性能，对重金属离子有很好的络合吸附作用，能有效地减轻重金属离子对作物的毒害，并阻止其进入植株中，并且保护植物的根茎。 

生物有机肥含有维生素、抗生素等，可增强农作物抗性，减轻或防止病害发生。生物有机肥施入土壤后，可增强土壤的蓄水保水能力，在干旱情况下，能增强作物的抗旱能力，改善作物根系的生态环境，促进根系的生长，增强根系活力，提高作物耐涝能力，减少植物的死亡率，提高了农产品的生存率。  

由于生物有机肥料中各种营养元素比较完全，而且这些物质完全是无毒、无害、无污染的自然物质，这就为生产高产、优质、无污染的绿色食品提供了必须条件。前面说的腐殖酸物质，可以减轻重金属离子对植物的危害，也就相当于减少了重金属对人体的危害。  

生物有机肥中的有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质。如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。  

化肥的实际利用率只有30%～45%。损失的化肥一部分分解释放到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用。当施入生物有机肥后，由于有益生物活动改善了土壤结构，增加了土壤保水保肥能力，从而减少了养分的流失。加上有益微生物解磷解钾作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。